生产优质、富有营养的食品是有机生产的目标之一。应根据市场需求，选择适应当地土壤与气候环境生长，并具有品质优良、营养丰富、市场前景好、销路广的种或品种。
有机蔬菜种子种苗基本要求
冬春季保护地栽培的番茄，应选择耐低温、耐弱光性好、抗灰霉病、抗晚疫病的种子；冬春季保护地栽培的黄瓜，应选择耐低温、耐弱光性好、抗霜霉病的种子；夏秋季种植黄瓜，应选择耐高温、结瓜性强、抗病毒病种子。
1、有机食品标准的要求
按照有机食品标准的要求，应选择有机蔬菜种子或种苗。当从市场上无法获得有机种子或种苗时，可以选用未经禁用物质处理过（如种子包衣）的常规种子或种苗，但应制订获得有机种子和种苗的计划。
2、品种的选择
选择适应当地的土壤和气候特点、对病虫害具有抗性的蔬菜种类及品种。在品种的选择中应充分考虑保护蔬菜的遗传多样性。尽可能选择生长期短、成熟期早的种类或品种适时播种，避开蔬菜病虫害发病严重时期。
3、选择无病毒种苗
选择无病毒种苗是控制蔬菜病毒病的唯一途径。不允许使用任何通过基因工程获得的种子或种苗。尽量选择生长健壮、抗病虫、抗污染能力强、对有害物富集量较少的种或品种（种子）。
4、禁止使用经禁用物质和方法处理的种子和种苗
禁止使用化学包衣种子，除非进行包衣的物质是有机蔬菜生产允许的，例如可以使用微生物包衣种子，以控制各种土传性病害及苗期病害。
5、栽培方式
不同蔬菜对栽培方式、土壤条件等要求也不同。在种类和品种确定以后，可以进行嫁接栽培的优先使用嫁接苗。
病虫害少的蔬菜有山药、芋头、菠菜、甜菜类、胡萝卜、水芹、香芹、芹菜、茴香、牛蒡、莴苣、紫苏、薄荷、姜、韭菜、大葱、大蒜、洋葱等。
