农药化学残余；绝大部分农药的成分含有有机氯农药，含铅、砷、汞等物质的金属制剂，以及某些特异性除草剂。这些化学元素性质非常稳定，进入生物体不易分解，通过食物链进入体内之后，又无法通过新陈代谢排除体外，日积月累就会导致生物体中毒。
农药的大规模使用造成土壤污染
土壤的污染；由于农药的大量、大面积使用，不当滥用，以及农药的不可降解性，已对地球造成严重的污染。据统计，中国每年农药使用面积达1.8亿公顷次，50年代以来使用的666达到400万吨、DDT 50多万吨，受污染的农田1330万公顷。农田耕作层中666、DDT的残留量分别为0.72×10-6和0.42×10-6；土壤中累积的DDT总量约为8万吨。粮食中有机氯的检出率为100%，小麦中666含量超标率为95%。
农药的大规模使用造成大气污染
大气的污染；农药施用通常采用喷雾方式，农药中有害物质漂浮到空气中污染大气，其中的有害物质随着气流带到世界各地，据世界卫生组织报道，伦敦上空1吨空气中约含10微克DDT，雨水中含DDT7×10-12～400×10-12，全世界生产了约1500万吨DDT，其中约100万吨仍残留在海水中。中国南方某省1994～1998年，渔业水域受污染面积达45万多公顷，污染事故800多起。水域中的农药通过浮游植物--浮游动物--小鱼--大鱼的食物链传递、浓缩，最终在人体中累积。
农药的大规模使用造成生态污染
生态的破坏；农药使用是在灭杀害虫，但是大规模的使用导致害虫、病菌产生抗药性。80年代初我国防治棉田的棉铃虫和棉蚜虫只需除虫菊类杀虫剂2次每次450毫升/公顷，就可以完全控制，进入90年代棉蚜虫对这类杀虫剂的抗性已经达到了1万倍，防治已经没有效果了，棉铃虫也有了上千倍的抗药性，已经需要防治8～9次，每次750毫升/公顷，防治效果大打折扣。
农药对于农业是十分重要的。由于病、虫、草害，全世界每年损失的粮食约占总产量的一半，使用农药可以挽回总产量的15％左右。同时农药不光杀死了害虫，还会误伤其他益虫，破坏了生态平衡。
