由于之前种植过程中有许多残留的病菌存留到土壤中，再加上一些连年种植蔬菜区域，每年都种植同一作物的话会使得某些病菌连年繁殖，这样积累多了就很容易让作物得病害了，所以一定要进行土壤病菌的处理，可以使用生物有机肥、微生物菌剂进行土壤消毒，调理土壤。
在受病害的土地上撒石灰，草木灰，熟腐的农家肥，煤炭渣，木炭渣等等。这些都可以杀死土壤中的各种有害细菌，而且对农作物生长也有一定的好处。撒完后深耕，深度在30厘米左右。然后晒上一个月，尽量是有大太阳的时候。晒一个月后再撒石灰草木灰等等再深翻。如此反复三次以上方可进行种植，也就是一季不要去种庄稼，反复的消毒杀菌。别显时间长，受细菌性病害的土壤即使种了，不是发不了芽就是苗不齐，不是烂根就是枯叶，收获就更难了。
农药化肥适量使用，同一块土壤也不要总是使用一种农药，一种化肥，换一个品牌或者换一个品种。减少污染源，空气污染对土壤的病害虽然少一点，但是水的污染一定要注意。在灌溉或浇水时尽量使用干净的地下水，不然很容易造成土壤重金属超标。轮流种植农作物，比如秋季种植白菜，明年的秋季就种植萝卜。土壤里面含有多种营养成分，而单一的农作物需要的营养成分也只有那么几样。长此以往多余的养分越积越多，反而对土壤不利。
尤其是经济作物产区，由于多年重茬、不科学的水肥管理，导致土壤板结、土壤酸化、土壤盐渍化严重，对根系的生长造成严重危害。可通过深翻土壤、增施有机肥、补充有益微生物，根据土壤酸碱状况合理施用土壤调理剂。特别是能破除板结、加深耕层、促进根系生长的结构性障碍土壤调理剂----松土促根剂，能有效改良土壤结构，提高土壤理化性能，为根系生长提供具有良好通透和缓冲能力的土壤条件。
