由母体内的恒温环境转为变温环境，由在无菌的胎盘中水生环境转为有菌的猪舍陆生环境，由靠脐带被动吸收来摄取养分转为靠消化道主动吸收等。从哺乳舍转到仔猪保育舍，所有这些都将从生理、营养、环境等方面刺激仔猪，导致断奶应激。
仔猪断奶后除饲粮营养成分发生改变外，还要转移圈舍，有时还要进行合群并窝。这些都会影响仔猪的内分泌系统、免疫状态等生理机能。断奶应激会引起仔猪胃肠道血管收缩，血供应量减少，胃肠道平滑肌舒张蠕动变缓，从而导致机体整体消化机能减弱，引起消化不良。
仔猪在断奶前，其营养全部或部分由母乳提供，母乳中含有丰富的脂肪和易于消化的酪蛋白，且碳水化合物以乳糖为主，不含淀粉和纤维。而断奶后，主要能量来源的乳脂被谷物淀粉所替代，可以完全被消化吸收的酪蛋白变成了消化率较低的植物蛋白，而纤维的存在更是让仔猪难以承受。
这些变化对仔猪本就发育不完善的消化道酶系统无疑是雪上加霜，采食量下降、消化不良和腹泻接踵而至。
