酸化使土壤中产生的氢化铝严重毒害作物，抑制有益微生物菌的繁殖与存活，造成有害病菌滋生，易发根系病害，加重根线虫病蔓延，并抑制营养元素的吸收利用，造成肥料成本投入越来越大，品质、产量却反而降低。
土壤酸化的危害
1.抑制根系发育；土壤酸化可加重土壤板结，使根系伸展困难，发根力弱，缓苗困难，容易形成老小树，老僵苗，根系发育不良吸收功能降低，长势弱，产量降低。土壤酸化加重农药浪费：酸化土壤中植物长势减弱，抗病能力降低，易被病害侵染，不得不增加施药量。
2.养分吸收降低；大部分中、微量元素吸收利用率很低。土壤酸化导致肥料流失严重，肥料利用率不足30%！土壤酸性不单使70%的氮素的流失，同时也使60-80%的易生成不溶性物质的磷钾成分吸收不了，加上酸性导致根系生长弱及养分自身吸收利用率低，其结果导致大量使用化肥，作物却生长缓慢、病害多、产量低、品质差，造成投入增加，效益大幅度降低。
3.作物营养不良；缺素症严重，如苹果苦痘病、红点、根瘤、丛叶、花叶、果锈病及梨铁头、斑点、鸡爪印等缺素症及病毒等病频繁发生。树势抗逆力弱，容易受病菌侵蚀，用再好的药也控制不了病害的发生。免疫力差、抗逆性弱、病害爆发。由于土壤酸化改变了土壤微生态环境，根际有害微生物在酸性条件下大量繁殖，且这些病害控制困难。
4.有益菌群丧失；土壤有益微生物种群变化，细菌个体生长变小，生长繁殖速度降低，如分解有机质及其蛋白质的主要微生物类群芽孢杆菌，放线菌、甲烷极毛杆菌和有关真菌数量降低，影响营养元素的良性循环造成农业减产。
特别是酸雨可降低土壤中氨化细菌和固氮细菌的数量，使土壤微生物的氨化作用和硝化作用能力下降，对农作物大为不利。
