稻壳粪在使用前需要进行腐熟，由于稻壳粪中稻壳表面含有较厚的蜡质层，在土壤中分解十分缓慢，进行发酵腐熟可提高稻壳的分解速度。
稻壳一般含水量为12%左右，含碳36%，含氮0.48%，碳氮比高达75.6%，是难于发酵的有机物料之一，其发酵难度很高，一般使用有机物料腐熟剂结合生物闷棚进行发酵。但发酵过程中要求一定的温度和湿度，一般发酵需10至20天。
稻壳粪最好提前半个月堆积腐熟或施入棚中腐熟，堆积腐熟时可喷洒有机肥腐熟剂，同时洒水湿润，让稻壳吸足水分以便加快腐熟；堆不要太高，以防堆内热量散发不出来而导致闷堆；当发现稻壳粪颜色变黑变软、无臭味时即充分腐熟了。
施入棚中腐熟也可喷洒肥力高等腐熟剂，结合灌水闷棚促进腐熟。腐熟时要封严，采用薄膜覆盖或泥土封严，以防水分蒸发太快、堆温扩散及氮素损失，降低腐熟的质量。
腐熟需要的条件
稻壳腐熟较为困难，要保证充足的腐熟时间，夏秋高温季节20天以上，冬春温度较低时40天以上。腐熟过程中需要一定的温度和湿度，所以夏季使用腐熟速度快，这时棚室内温度高，可以浇大水，有利于稻壳快速腐熟。而冬季使用时棚室气温低、浇水少，稻壳在土壤中基本不腐熟，而到春季转暖后稻壳再腐熟放热，容易引起根系受伤。在堆温降低到45度以下，稻壳颜色变黑变软时腐熟基本结束
稻壳在大棚蔬菜栽培中使用的越来越多，特别是在粪肥使用中非常普遍，之前菜农在腐熟粪肥时会加入草、麦秸等，能有效提高粪肥有机质，而随着稻壳的增多，菜农越来越多的在粪肥中加入稻壳，特别是在一些老棚，土壤透气性差、板结严重，使用稻壳粪后能有效提高土壤透气性，改良土壤结构。
