农业面源污染是指农村地区在农业生产过程中产生的、未经合理处置的污染物对水体、土壤和空气及农产品造成的污染，主要包括化肥污染、农药污染和畜禽粪便污染等，来源主要是农业生产过程中不合理使用而流失的农药、化肥、残留在耕地中的农用薄膜和处置不当的农业畜禽粪便、恶臭气体以及不科学的水产养殖等产生的水体污染物。
防治农业面源污染的方法如下：
1、严格控制农业用水总量。
通过采取节水农业包括农田基础设施的建设，还有节水灌溉工程建设等措施，来提高水的利用效率。
2、减少化肥和农药使用量。
大力推进测土配方施肥，包括病虫害的绿色防控、综合防控措施，精准施肥，减少农药，化肥的使用量。
3、对废弃物进行综合循环再利用。
通过采取标准化养殖、清洁养殖，配套一些废弃物的综合处置设施，包括我们发展农村沼气工程、发展循环农业，使废弃物、粪便能够得到更高的有效利用。
4、实行农膜的有效回收和处置以及循环利用。
现在农膜广泛使用，这些农膜都容易老化，而且容易残留在土壤当中。这就需要采取一些有效政策措施，来支持和激励收储和回收利用，减少污染源。
5、加强监督管理。
农业面源污染是开放的，而且是跨流域的，是流动性的，所以流域上中下游之间要加强协同监管。
6、强化法制建设。
积极参与推动国家正在做的土壤污染防治法的制定，还有耕地质量保护条例的制定。同时，要加大对农业环境违法行为处罚的力度，健全重大环境事件和污染事故的责任追究制度。
农业面源污染与有固定、可查究污染源的点源污染（如工业企业污染）相比，时空范围更广、不确定性更大，成分、过程更复杂更难以控制。
