沼液中含有丰富的营养物质和维生素、生长素等生物活性物质，这些在发酵过程中形成的小分子物质，其结构简单，易于被作物吸收，能向作物提供氮、磷、钾等主要营养元素。有助于植物体内的氮代谢，可以促进植物根系发育，增强植株的抗病能力，使得沼液作为一种液态速效肥料，具有较好增产效果。
沼液做肥料的具体作用
改善土壤理化性质；
将沼液作为有机肥料连续施用能够改善土壤的理化性质，不仅补充土壤的营养还可以增加种植层深度，有利于土壤团粒结构的形成，为土壤耕作和农作物生长创造了良好的土壤条件，提高土壤氮、磷、钾和有机质的含量。
此外，施用沼液可以不同程度的活化土壤中的铜、锌、铁等微量元素，调整土壤的碳氮比满足土壤微生物的营养需求，活化土壤中的某些酶，建立良好的土壤环境。
提升作物品质
农作物的品质包括维生素、糖分、硝酸盐以及蛋白质和矿质元素等因子。
研究表明，施用沼液能使农产品的溶性糖、维C、蛋白质、矿物质含量等大大提高，无论在营养方面，或是果实的口感风味都有很大的提升。同时，沼液中含有包括钼、锰等多种微量元素，有利于提高硝酸还原酶的活性，可以有效降低植株体内硝酸盐的积累。
防病抑菌
沼液除了有改良土壤、提高农产品的品质外，还具有防病抑菌的作用，对某些植物病原菌有明显的抑制作用。经过厌氧发酵后的沼液不会带活病菌和虫卵，而且沼液本身含有残留菌群的代谢产物，如微生物产生的各种酶类物质、生长繁殖必须的氨基酸类、维生素类、有机酸类、抗生素类、腐植酸类和植物激素等等。
植物激素能有效的促进和刺激植物的生长发育，族维生素类可促进植物的生长发育，能增加作物抵抗病虫害的能力；而抗生素类能有效抑制和杀灭植物病原菌，增强植物的抗病能力。
