使用发酵不彻底的鸡粪后将手插入土壤中会感觉土壤温度较高。尤其是冬春施用鸡粪安全隐患最大，此时大棚内温度高，鸡粪发酵会散发大量热量导致烧根现象；果园冬春两季使用鸡粪正值根系休眠前后，一旦烧根将影响养分积累和来年开花结果。
鸡粪发酵不彻底的危害
鸡粪发酵不彻底会损伤作物根系
鸡粪在分解过程中产生甲烷、氨气等有害气体，使土壤和作物产生酸害和根系损伤，更严重的是产生的乙烯气体抑制根系生长，也是烧根的主要原因。连年使用鸡粪，造成根系缺氧、长势不旺、鸡粪施入土壤中，在分解过程中消耗土壤中的氧气，使土壤暂时性处于缺氧状态，会使作物生长受到抑制。
鸡粪发酵不彻底会酸化土壤
由于鸡粪pH值约在4左右，属于极酸性，会酸化土壤，致使茎基部和根部组织遭受化学创伤和严重破坏，给鸡粪携带的大量病毒病菌、土传性带病细菌、病毒提供了入口和浸染机会，在湿度和温度一旦达到就会爆发病害。
鸡粪发酵不彻底会造成植株萎蔫
使用发酵不彻底鸡粪极易造成植株萎蔫，黄枯，萎缩不长，无花无果，甚至死亡；病毒病，疫病，茎基腐病，根腐病，青枯病成为使用鸡粪最明显的后遗症，鸡粪还是根结线虫的宿营地和温床，自身携带根结线虫卵的数量为每1000克100个，鸡粪中的线虫卵极易孵化，一夜之间倍增数万，土壤中的线虫在有鸡粪的地块发生率提高500%倍以上。鸡饲养过程中饲料中含有大量激素，防治病害也会使用抗生素，这些都会通过鸡粪带入土壤，从而影响农产品安全。
鸡粪中含有重金属
鸡粪中含有很高量的铜、汞、铬、镉、铅、砷等重金属，还有较多的激素残留，造成农产品重金属超标，污染地下水源和土壤，有机物向腐殖质转化的时间较长，养分流失严重。
