真牡丹根系比较多，大多为肉质主根和侧根。假牡丹则根系比较少，甚至是萝卜根系。真牡丹枝干颜色比较深，假牡丹枝干颜色比较浅。假的牡丹花开出花朵没有真的牡丹花那样花色鲜艳美丽，香味浓郁。真牡丹花价格要比假牡丹贵很多。
一、根系不同
一般来说真牡丹根系比较多，大多为肉质主根和侧根，初始根颜色为白色，之后变为黄色或褐色，肉质为白或红色。若是假牡丹则根系比较少，一些甚至是萝卜根系，且分布根系数量较少。
二、颜色不同
我们可以从颜色上区别出真假牡丹花，例如真牡丹枝干颜色比较深，分枝是从根部产生的，呈丛生状。而假牡丹枝干颜色比较浅，且枝干是独干，分枝是从主干上产生的。
三、花朵不同
可以通过看花来分辨出真假牡丹，但是养殖到开花就是辨别真假也来不及了，所以实用性不是那么大。假的牡丹花没有真的牡丹花那样花色鲜艳美丽，香味浓郁。
四、价格不同
在市场上真牡丹花价格是比较贵的，例如幼苗可以在几十到几百不同，每个品种价格都不同。而假牡丹花则价格相对比较低廉，仅仅只有几块或十几块。所以说一分价钱一分货。
